Czasy największej świetności Uniwersytetu Jagiellońskiego przypadły na XV wiek.
Jeszcze na początku XVI wieku trwał rozkwit uczelni, jednak jeszcze w tym samym stuleciu pojawiły się oznaki kryzysu. Pierwsze z nich były związane z odrzuceniem nurtów reformacji. Profesorowie, którzy byli jej zwolennikami wyjechali z Krakowa. Ponadto, uniwersytet stracił zagranicznych studentów, a liczba tych rodzimych zmalała.