Obserwacje mikroskopowe wykorzystuje się w laboratoriach, gdzie dzięki nim można m.in. badać rozmaz krwi. Taka obserwacja może wskazywać na występowanie różnych chorób, np.: anemia, leukocytoza.
Oprócz wyżej wskazanego zastosowania, zasada mikroskopowania pozwala na badanie struktury tkanek oraz komórek, co pozwala na wychwycenie zmian nowotworowych w narządach.
Mikroskopy umożliwiają nam szczegółowe badanie tkanek, komórek i mikroorganizmów. Możemy wyróżnić mikroskopię:
- optyczną – umożliwia obserwację struktury tkankowej, diagnozowanie chorób i monitorowanie odpowiedzi na leczenie; jest stosowana w patologii, mikrobiologii, histologii, cytologii,
- elektronową – umożliwia badania struktury komórek i tkanek na bardzo małą skalę; jest stosowana przy badaniu drobnoustrojów czy obrazowaniu narządów wewnętrznych,
- konfokalną – umożliwia obserwację próbek na różnych głębokościach poprzez eliminowanie rozproszonego światła; przydatna przy analizie zmian strukturalnych i funkcjonalnych wewnątrzkomórkowych,
- fluoroscencyjną – pozwala wykryć i zwizualizować specyficzne cząsteczki, struktury i przeciwciała w próbkach, umożliwia obserwację procesów molekularnych wewnątrz cząsteczek; stosowana w onkologii, immunologii, neurobiologii,
- sił atomowych – wykorzystywana do badania struktury białek, badania biomolekuł, analizy sił międzycząsteczkowych i mechanicznych sił międzycząsteczkowych.