Morze Bałtyckie połączone jest z Oceanem Atlantyckim jedynie cieśninami – Wielki Bełt, Mały Bełt, Sund, Skagerrak oraz Kattegat. Cieśniny są wąskie, co znacznie ogranicza wpływanie do nich zasolonej wody z Morza Północnego. Na niski poziom zasolenia Morza Bałtyckiego wpływa także duża ilość słodkiej wody, która dostarczana jest do niego przez liczne rzeki, oraz ograniczone parowanie.
Zasolenie Morza Bałtyckiego przy wybrzeżu Polski wynosi 7‰. Średnie zasolenie oceanów wynosi 35‰.