Protokooperacja to rodzaj oddziaływań między osobnikami różnych gatunków, gdzie obie strony odnoszą korzyści, jednak oddziaływanie to nie jest konieczne do prawidłowego funkcjonowania tych osobników. Przykładem są oddziaływania między mrówkami a mszycami oraz ukwiałem oraz krabem pustelnikiem.
Mrówki i mszyce: mrówki zapewniają mszycom ochronę przed drapieżnikami, a mszyce produkują pożywną spadź, która jest chętnie wykorzystywana przez mrówki.
Ukwiał i krab pustelnik – krab pustelnik umieszcza na swoim pancerzu ukwiał, który zapewnia mu ochronę, a ukwiał w zamian zyskuje transport (jest to organizm osiadły) oraz resztki pożywienia kraba.
