Do nawozów naturalnych zaliczamy zarówno te pochodzenia zwierzęcego, jak i roślinnego. W obrębie pierwszej grupy wyróżniamy obornik bydlęcy i koński, guano i pomiot ptasi, a drugiej- nawóz zielony i kompost.
Obornik to produkt rozkładu mikrobiologicznego odchodów zwierząt gospodarskich (bydła, koni). W wyniku tego rozkładu dochodzi do przemiany związków organicznych w łatwiej przyswajalne przez rośliny związki, do których możemy zaliczyć wodorofosforany (V), azotanu (V), sole potasowe rozpuszczalne w wodzie. Co więcej, część materii organicznej pochodzącej ze zwierzęcych odchodów ulega przekształceniu w próchnicę nadającą glebie odpowiednią konsystencję oraz porowatość, co uskutecznia wzrost plonów.
Podobne działanie wykazuje ptasi pomiot, który stanowią ptasie odchody zmieszane ze ściółką.
Odpady roślinne ulegające rozkładowi mikrobiologicznemu tworzą nawóz naturalny, jakim jest kompost.
Doskonałą formą nawożenia jest uprawa roślin bobowatych, które przyswajają azot atmosferyczny wprost z powietrza i wykorzystują go do syntezy związków budulcowych. Oranie pola porośniętego takimi roślinami, a następnie ich rozkład mikrobiologiczny skutkują wzbogaceniem gleby w niezbędne składniki (ze szczególnym uwzględnieniem azotu).