Układ mechaniczny zapewnia stabilność, odpowiednie ułożenie oraz swobodne przemieszczanie elementów układu optycznego względem preparatu. Składa się między innymi ze śruby mikrometrycznej i śruby makrometrycznej, które pozwalają ustawić odpowiednią ostrość obrazu.
Mikroskop optyczny składa się z układu optycznego i układu mechanicznego. Do elementów optycznych należą okular, obiektyw, kondensor i źródło światła.