Nukleotydy występują w komórce również jako wolne cząstki. Przykładem jest adenozynotrifosforan (ATP), nukleotyd adeninowy, który przyłącza trzy reszty fosforanowe.
Dzięki dużej energii takiego wiązania staje się on nośnikiem energii bardzo ważnym w różnych procesach komórkowych.
Nukleotyd to monomer kwasu nukleinowego, zbudowany z zasady azotowej, pierścienia pięciowęglowego cukru oraz reszty kwasu fosforowego.