Frakcjonowanie komórek umożliwia rozdzielenie poszczególnych organelli, dzięki czemu możliwe jest poznanie budowy tych struktur, dzięki czemu biolodzy mogą zrozumieć kierujące komórką mechanizmy.
Poszczególne struktury oddzielają się od siebie podczas wirowania różnicowego, które można dalej rozdzielać za pomocą wirowania w gradiencie gęstości.