Endosymbioza pierwotna polega na pochłonięciu bakterii przez inny wolno żyjący organizm. Mniejsze komórki autotrofów zostały wchłonięte przez większe komórki heterotroficzne i na drodze fagocytozy zaadoptowały się jako organella.
Natomiast endosymbioza wtórna jest wtedy, kiedy produkt endosymbiozy pierwotnej ulegnie wchłonięciu przez inny organizm.
Na skutek endosymbiozy wtórnej powstało wiele grup glonów i eukariontów. Jest to korzystne, ponieważ po wchłonięciu glonu organizm może czerpać z produktów jego fotosyntezy, a kiedy on obumiera, organizm może dalej funkcjonować.
Teoria endosymbiozy podaje, że chloroplasty powstały na drodze endosymbiozy pierwotnej. Heterotroficzne komórki eukariotyczne w procesie fagocytozy wchłonęły prokariotyczne komórki sinic. Komórki te wstąpiły w symbiozę, a w trakcie ewolucji komórki sinic przekształciły się w chloroplasty.