Kwiaty roślin nagozalążkowych są rozdzielnopłciowe, nie posiadają okwiatu. Zebrane są w jednopłciowe kwiatostany, kwiat żeński składa się z łuski nasiennej, na której znajdują się dwa nieosłonięte zalążki, oraz łuski wspierającej.
Kwiat męski natomiast składa się z osi kwiatowej i osadzonych na niej pręcików. Pręciki u podstawy posiadają dwa woreczki pyłkowe.
Do roślin nagozalążkowych zalicza się wieloletnie rośliny drzewiaste. Z kwiatostanów żeńskich powstają szyszki, zbudowane są one z wielu łusek nasiennych, a każda łuska zawiera dwa nasiona powstałe po zapłodnieniu dwóch zalążków. Łuski chronią nasiona przed działaniem niekorzystnych warunków środowiska.
Nagozalążkowe charakteryzują się również występowaniem jednopłciowych kwiatów i nieosłoniętych zalążków oraz nasion.