słaba wymiana wód z Oceanem Atlantyckim
przedostawanie się zanieczyszczeń przemysłowych
ścieki komunalne w rzekach uchodzących do Bałtyku
nawozy sztuczne spływające do rzek uchodzących do Bałtyku
wycieki ropy naftowej
Współczesne Morze Bałtyckie jest młodym zbiornikiem wodnym, jego powierzchnia wynosi 415 tys. km². Uważane jest za jedno z najbardziej zanieczyszczonych mórz. Zanieczyszczenia powodują mniejszą bioróżnorodność fauny i flory Bałtyku. Dużym zagrożeniem dla wód jest nadmierna eutrofizacja powodowana nawozami sztucznymi spływającymi do Bałtyku rzekami.