Głównym powodem degradacji środowiska przyrodniczego Bałtyku są zanieczyszczenia. Pochodzą one ze ścieków przemysłowych, które są odprowadzane przez przedsiębiorstwa wprost do morza czy do rzek wpadających do niego. Dużym problemem są również związki chemiczne zawarte w nawozach mineralnych. W czasie drugiej wojny światowej w Bałtyku zatopione zostały również wiele pojemników z toksynami.
Degradacjom nazywamy proces, w którym dochodzi do niszczenia elementów przyrody.