1) Blokowanie rządowych ustaw
Lech Kaczyński często wykorzystywał swoje uprawnienia weto, co skutkowało blokowaniem rządowych ustaw. Jego decyzje w tej kwestii prowadziły do konfliktów między prezydentem a rządem PO, który dążył do wprowadzenia swojej polityki. Spory dotyczyły m.in. reformy systemu emerytalnego i podatkowego.
2) Kwestie nominacji generalskich
Prezydent Kaczyński również stawał na przeszkodzie w nominacjach generalskich, co wywoływało kontrowersje. Konflikty wynikały z różnic w ocenie kompetencji kandydatów oraz podejrzewaniach o motywy polityczne w dokonywaniu tych nominacji. To prowadziło do trudności w efektywnym zarządzaniu siłami zbrojnymi.
3) Kontrowersje dotyczące reprezentowania Polski na szczytach UE
Lech Kaczyński często prowadził spory z rządem PO w kwestii reprezentowania Polski na szczytach Unii Europejskiej. Czasami występował z odrębnymi stanowiskami i podejmował decyzje bez konsultacji z rządem, co prowadziło do napięć i utrudniało spójne działanie polskiego państwa na arenie międzynarodowej.
Warto jednak podkreślić, że spory polityczne nie ograniczały się tylko do działań Lecha Kaczyńskiego. Były one częścią szerszego kontekstu politycznego i wynikały z różnic ideologicznych, walki o wpływy i interesów politycznych różnych ugrupowań w Polsce w tym okresie.