Rząd Narodowy przekazywał swoje polecenia z pomocą urzędników, którzy nosili dokumenty oznaczone pieczęcią tajnych władz.
Przez cały okres powstania styczniowego Rząd Narodowy działał w podziemiu, czyli nielegalnie. Był tajnym organem władzy ustawodawczej i wykonawczej, który z ukrycia kierował powstaniem. Rząd Narodowy sygnował swoje dokumenty pieczęcią, na której znajdowały się godła Korony, Litwy i Rusi oraz napis: „Rząd Narodowy, Wolność – Równość – Niepodległość”.