Konflikt opierał się na innym podejściu do koncepcji poznania prawdy. Według chrześcijan należało się w tym celu kierować wiarą i wskazówkami zawartymi w Biblii, natomiast filozofowie zakładali poszukiwanie prawdy poprzez pracę rozumu.
Ostatecznie poglądy te pogodzono poprzez wykształcenie scholastyki.
Scholastyka to kierunek filozoficzno-teologiczny, który opierał się na rozumowym uzasadnianiu prawd chrześcijańskiej wiary.