Wnętrze lizosomu wypełniają enzymy hydrolityczne, co umożliwia zachodzenia trawienia wewnątrz komórkowego. Makrofagi odpowiedzialne są za obronę organizmu przed patogenami poprzez fagocytowanie ich. Gdy patogen zostanie wchłonięty do wnętrza makrofaga, pęcherzyk, w którym się znajduje, łączy się z lizosomem i dochodzi do strawienia patogenu.