Dzięki barwieniu preparatów, komórki i tkanki są lepiej widoczne. Elementy komórek zwykle są przezroczyste i słabo widoczne. Barwienie umożliwia obserwację poszczególnych komórek i ich elementów.
Podczas procesu barwienia, barwnik zwykle wnika do wnętrza komórki i tworzy barwne kompleksy z cytoplazmą i strukturami wewnątrzkomórkowymi.