Lej depresyjny powstaje wskutek obniżania się zwierciadła wód podziemnych. Spadek poziomu wody powoduje, że niektóre korzenie roślin przestają mieć bezpośredni dostęp do wód gruntowych, co może powodować ich obumieranie.
Lej depresyjny powstaje na skutek nadmiernego pompowania wody m.in. na obszarach działalności górniczej.