Układ mechaniczny zapewnia stabilność, odpowiednie ułożenie oraz swobodne przemieszczanie elementów układu optycznego względem preparatu. Składa się między innymi ze śruby mikrometrycznej i śruby makrometrycznej, które pozwalają ustawić odpowiednią ostrość obrazu.
Mikroskop optyczny składa się z układu optycznego i układu mechanicznego. Do elementów optycznych należą okular, obiektyw, kondensor i źródło światła.
Wstępną obserwację rozpoczynamy od najmniejszego powiększenia. W celu ustawienia ostrości należy posłużyć się najpierw dużą śrubą mikroskopu, a następnie małą.
Powiększenie obrazu oglądanego obiektu w mikroskopie oblicza się przez pomnożenie powiększenia okularu z powiększeniem obiektywu.