Archeony są bliżej spokrewnione z eukariontami, ponieważ badania genetyczne wskazują, że struktura organelli komórkowych archeonów oraz obecność pewnych białek jest zbliżona do tych u eukariontów. Dlatego też archeony znajdują się na tej samej linii ewolucyjnej na drzewie rodowym co eukarionty.
Aby zbadać dokładne pokrewieństwo organizmów, bazuje się na wynikach badań molekularnych, które pozwalają określić i porównać sekwencje aminokwasowe w białkach oraz sekwencje nukleotydów w genach różnych gatunków.