LUCA był organizmem prokariotycznym, ponieważ nie posiadał błony jądrowej, która by separowała DNA komórki od cytoplazmy oraz nie posiadał chloroplastów i mitochondriów, czyli struktur obecnych u eukariontów, które rozdzieliły się od archeonów później na osi czasu.
Aby zbadać dokładne pokrewieństwo organizmów, bazuje się na wynikach badań molekularnych, które pozwalają określić i porównać sekwencje aminokwasowe w białkach oraz sekwencje nukleotydów w genach różnych gatunków.