Skutkiem stosowania imatynibu będzie zatrzymanie progresji choroby przez zmniejszenie ilości komórek nowotworowych, co spowoduje normalizację wyników morfologii krwi, a tym samym wycofanie się objawów.
Ciągła synteza zmutowanego białka kinazy prowadzi do niekontrolowanych podziałów mitotycznych komórek macierzystych szpiku kostnego, powodując rozrost granulocytów i uwalnianie niedojrzałych komórek do krwi obwodowej, które z czasem mogą zacząć przeważać nad prawidłowymi komórkami hematopoetycznymi, co prowadzi do powstania choroby - przewlekłej białaczki szpikowej. Z biegiem czasu przy braku leczenia dojdzie do progresji choroby, czyli jej przejścia w fazę akceleracji lub przełomu blastycznego.