Ciągła synteza zmutowanego białka kinazy prowadzi do niekontrolowanych podziałów mitotycznych komórek macierzystych szpiku kostnego, powodując stopniowy rozrost granulocytów i uwalnianie niedojrzałych komórek do krwi obwodowej. Wytwarzane w szpiku kostnym niedojrzałe komórki ostatecznie przeważają nad prawidłowymi komórkami hematopoetycznymi, co prowadzi do powstania choroby - przewlekłej białaczki szpikowej.
Z biegiem czasu przy braku leczenia dojdzie do progresji choroby, czyli jej przejścia w fazę akceleracji lub przełomu blastycznego.