Okrzemki – wody słodkie, wody słone
Morszczyn — wody słodkie, wody słone
Euglena – wody słodkie
Śluzowiec — ląd
Protisty zajmują środowisko wodne lub związane z wodą. Samożywne protisty roślinopodobne występują w zbiornikach słodkowodnych i słonych w wodach mórz, oceanów, stawów i jezior. Przykładem może być wolno żyjąca euglena zielona o aktywnym trybie życia lub okrzemki prowadzące osiadły tryb życia, biernie unoszące się w wodzie lub przytwierdzone do roślin czy kamieni w wodzie. Cudzożywne protisty zwierzęce żyją w stawach, jeziorach i rzekach, a te, które są pasożytami, mogą zasiedlać inne organizmy. Protisty grzybopodobne w większości występują na ściółce leśnej lub w glebie oraz są pasożytami roślin i zwierząt.