Zarówno układ męski, jak i żeński wytwarza gamety rozrodcze, które zawierają informację genetyczną przekazywaną potomstwu. Jądra u mężczyzn, a u kobiet jajniki odpowiedzialne są również za produkcję hormonów płciowych (testosteron i estrogeny), które wpływają na rozwój cech płciowych. Częścią tych układów są też narządy (prącie, pochwa), dzięki którym możliwy jest stosunek płciowy i połączenie się gamet, do którego dochodzi w żeńskim układzie rozrodczym i w efekcie zapłodnienia.
Podstawową funkcją obydwu tych układów jest rozmnożenie się organizmów i przekazanie genów, które odbywa się przy połączeniu gamet. Budowa obu tych układów różni się, jednak istnieją podobieństwa w funkcji, jak produkcja gamet, hormonów, wpływanie na ujawnienie się cech płciowych i wywoływanie zachowań seksualnych, które będą prowadzić do spłodzenia potomstwa.