By powstała skamieniałość martwy organizm musi zostać pokryty, np. osadami rzecznymi, by odciąć go od działania tlenu. Skamienienie jest zastąpieniem części ciała organizmu przez minerały, więc do powstania skamieniałości konieczne jest środowisko w nie bogate.
Skamieniałością może zostać również cały organizm. Działo się tak, jeśli został on odcięty od działania tlenu i otoczony w całości, np. przez żywicę.