Szczepionki zawierają osłabione lub martwe drobnoustroje, po kontakcie z nimi limfocyty wytwarzają przeciwciała oraz komórki pamięci. Dzięki temu organizm nabywa odporność na daną chorobę, bez przechodzenia infekcji z poważnymi objawami, a w momencie gdy dojdzie do kontaktu z danym drobnoustrojem, organizm rozpoznaje go i szybko wytwarza przeciwciała.
Makrofagi na drodze fagocytozy wchłaniają drobnoustroje. Wewnątrz makrofaga zostają one rozłożona na fragmenty (strawione). Pozostałości komórki patogenu zostaje wyrzucona poza makrofaga, a fragmenty antygenu są prezentowane na jego powierzchni. Następnie limfocyty Th (pomocnicze) rozpoznają cechy danego antygenu i ulegają aktywacji – wydzielają specjalne białka, które pobudzają limfocyty B. W ten sposób pobudzone limfocyty B intensywnie się dzielą i wszystkie wytwarzają ten sam rodzaj przeciwciał. Ponadto limfocyty B zapamiętują dany antygen, czyli stają się komórkami pamięci, co oznacza, że przy następnym kontakcie z tym antygenem wytworzą przeciwciała odpowiednie dla niego.