System naturalny klasyfikacji jest oparty na analizie morfologicznej, anatomicznej lub fizjologicznej, a następnie potwierdzony zostaje badaniami molekularnymi, czego efektem są drzewa rodowe. Systemy sztuczne klasyfikacji organizmów są natomiast oparte na intuicyjnie dobranych kryteriach, które nie są potwierdzane badaniami.
W systemach sztucznych wykorzystuje się metodę logicznego podziału, która polega na rozpatrywaniu wybranych, pojedynczych cechach organizmów oraz metodę fenetyczną, która rozpatruje wszechstronne podobieństwo cech organizmów.
Metoda logicznego podziału rozpatruje pojedyncze cechy organizmów. Opisy cech zaczynają się od tych identyfikujących duże grupy, a potem cechy charakterystyczne dla danego gatunku. Inaczej nazywana jest klasyfikacją „od góry do dołu”, jej graficzną interpretacją jest drzewo, które z każdej gałęzi ma poprowadzone dwie kolejne.
Metoda fenetyczna bierze pod uwagę całe zespoły cech. W przeciwieństwie do metody logicznego podziału, zaczyna się od taksonów najniższych rang, które łączą się w taksony wyższych rang. Inaczej nazywana jest klasyfikacją „od dołu do góry”, jej graficzną interpretacją są drzewa fenetyczne.