Pierwszym sposobem beztlenowego uzyskiwania energii przez bakterie jest fermentacja, proces zachodzący tylko w cytozolu.
Drugim sposobem beztlenowego uzyskiwania energii jest oddychanie beztlenowe, w którym elektrony pochodzące z utleniania zredukowanych przenośników elektronów są odbierane przez akceptory inne niż tlen.
Fermentacja jest procesem enzymatycznym przemian związków organicznych w warunkach beztlenowych, prowadzonym przez mikroorganizmy. Fermentacja zachodzi w cytoplazmie i składa się z dwóch etapów, glikolizy i redukcji.
Są różne rodzaje fermentacji, przykładowo fermentacja alkoholowa dostarcza energii bakteriom z rodzaju Sacina, a fermentacja mleczanowa dostarcza energii bakteriom z rodziny Lactobacillus.