Rozmnażanie bezpłciowe u protistów jednokomórkowych zachodzi przez podział poprzeczny lub podłużny komórki macierzystej na dwie komórki potomne, a u protistów wielokomórkowych odbywa się poprzez fragmentację plechy lub mitospory, czyli zarodniki wytwarzane na drodze mitozy.
Rozmnażanie płciowe zachodzi poprzez zapłodnienie, które polega na łączeniu się gamet pochodzących od dwóch osobników. W trakcie tego rozmnażania zawsze zachodzi mejoza, dzięki której potomstwo różni się od osobników rodzicielskich, ponieważ ma nową kombinację genów. Występuje przemiana faz jądrowych, czyli następowanie po sobie fazy haploidalnej (od mejozy do zapłodnienia) i diploidalnej (od zapłodnienia do mejozy).
Rozmnażanie płciowe zapewnia różnorodność genetyczną, która jest konieczna do przetrwania w zmiennych i niekorzystnych warunkach.
Rozmnażanie bezpłciowe jest sposobem na szybkie zwiększenie liczby osobników, ale nie zapewnia różnorodności genetycznej. Nie jest to korzystne przy zmiennych i niesprzyjających warunkach, ponieważ populacja może być zagrożona wyginięciem.
Fragmentacja plechy polega na przypadkowych rozerwaniach na fragmenty, z których w wyniku regeneracji odtwarzają się nowe, kompletne organizmy.
W rozmnażaniu płciowym występują trzy typy zapłodnienia:
· izogamia, kiedy gameta męska i gameta żeńska mogą się ruszać i są morfologicznie jednakowe,
· anizogamia, kiedy obie gamety mogą się ruszać, ale gameta żeńska jest dużo większa,
· oogamia, kiedy gameta żeńska jest większa i nie może się ruszać.