Protisty zwierzęce i grzybopodobne są heterotrofami, odżywiają się martwą materią organiczną lub innymi organizmami. Pobierają pokarm poprzez endocytozę. Mogą również wchłaniać drobnocząsteczkowe związki organiczne z otoczenia, jeśli nie wymagają one trawienia.
Protisty roślinopodobne są zwykle autotrofami, a więc odżywiają się dzięki fotosyntezie. W ich komórkach znajdują się chloroplasty zawierające barwniki asymilacyjne. W wyniku fotosyntezy powstają związki organiczne magazynowane w roli materiału zapasowego.
Wyróżnia się dwa rodzaje endocytozy: fagocytozę, która polega na pobieraniu przez komórkę drobnych i nierozpuszczalnych cząstek, oraz pinocytozę, która polega na pobieraniu przez komórkę małych kropli płynów, które zawierają substancje rozpuszczalne w wodzie.
W trakcie fagocytozy cząsteczki pokarmu są otaczane pseudopodiami, tworzą się pęcherzyki wędrujące w głąb cytoplazmy. Następuje połączenie z lizosomem i powstaje fagosom. W nim pokarm ulega strawieniu.
W trakcie pinocytozy na powierzchni komórki wytwarzane jest zagłębienie w kształcie kanalików. Wnika ono w głąb cytoplazmy, gdzie dochodzi do jego rozpadu na pęcherzyki, które następnie łączą się z lizosomami i następuje trawienie.