Oczyszczanie biologiczne ścieków polega na rozkładzie zanieczyszczeń przez mikroorganizmy. Można je przeprowadzić różnymi metodami. Jedna z nich polega np. na zraszaniu ściekami złoża żwiru lub drobnych kamieni, dzięki czemu na ich powierzchni tworzy się cienka warstwa mikroorganizmów, które rozkładają zanieczyszczenia organiczne. Innym sposobem jest kierowanie ścieków do komory napowietrzania, gdzie wskutek dużego dostępu tlenu następuje szybki rozwój mikroorganizmów, tym samym szybki rozkład związków organicznych.
Na początku ścieki przepływają przez filtry, dzięki czemu usuwane są większe zanieczyszczenia, np. worki foliowe, butelki, gałęzie, żwir. Następnie ścieki płyną przez basen, zostawiając na dnie drobne cząsteczki, a na wierzchu tłuszcze, które są zbierane z powierzchni wody. Następnie ścieki są kierowane do oczyszczania biologicznego.