Morze Bałtyckie cechuje znaczne zróżnicowanie zasolenia. Obszary znajdujące się przy cieśninach duńskich charakteryzują się dużym zasoleniem (jak na warunki Morza Bałtyckiego), co wynika z wymiany wód w tych okolicach z bardziej zasolonym Morzem Północnym. Północno-wschodnia część Bałtyku jest zasolona w najmniejszym stopniu, przyczyną tego jest niska temperatura powietrza w tych rejonach, przez co parowanie jest znacząco utrudnione, a także całkowity brak wymiany wód z bardziej słonym zbiornikiem. Z kolei w środkowej części zasolenie w porównaniu do części północno-wschodniej jest trochę większe, ponieważ temperatura powietrza jest tam wyższa, a więc również parowanie jest większe.
Średnie zasolenie Bałtyku to ok. 7,5‰.
Cieśnina – zwężenie łączące dwa zbiorniki wodne i oddzielające dwa obszary lądowe.
Najbardziej zasolone rejony Morza Bałtyckiego:
- Cieśnina Skagerrak;
- Cieśnina Kattegat.
Najmniej zasolone rejony Morza Bałtyckiego:
- północna część Zatoki Botnickiej;
- wschodnia część Zatoki Fińskiej;
- południowa część Zatoki Ryskiej.