Prowadził wojnę o Inflanty z Rosją, miasto Gdańsk nie chciało uznać go za króla, mieszkańcy tego miasta chcieli obsadzić na tronie własnego kandydata. Dodatkowo, Stefan Batory nie znał języka polskiego i musiał zawsze polegać na tłumaczu.
Stefan Batory spotkał się z wieloma trudnościami w trakcie swoich rządów. Wynikały one z tego, że nie był Polakiem i było mu trudno przystosować się do życia w Polsce. Był bardzo wykształconym człowiekiem, świetnie posługiwał się łaciną, ale nigdy nie nauczył się języka polskiego. Nie zaznał również szczęścia w miłości – jego małżeństwo z królową Anną Jagiellonką miało wymiar czysto polityczny.