Mikroskop należy ustawić w jednym miejscu, tak aby w czasie pracy go nie przesuwać. Na początku należy ustawić obiektyw z możliwie najmniejszym powiększeniem. Korzystając z lusterka, trzeba ustawić światło w mikroskopie, tak aby pole widzenia było dobrze oświetlone. Przygotowany preparat trzeba położyć na stoliku, a następnie należy ustawić ostrość za pomocą śrub makrometrycznej i mikrometrycznej.
Aby wykonać preparat mikroskopowy, należy na szkiełko podstawowe nanieść kroplę wody za pomocą kroplomierza, następnie należy umieścić na szkiełku badany obiekt. Obiekt trzeba pokryć szkiełkiem nakrywkowym.
Mikroskop służy do obserwowania małych obiektów, które mogą być niewidoczne gołym okiem. Wyróżnia się różne rodzaje, np. mikroskop elektronowy, metalograficzny, optyczny.