Geny sprzężone to geny, które leżą na tym samym chromosomie – bardzo często dziedziczą się wspólnie.
Wykrywanie genów sprzężonych polega na analizie rodowodów i dużych populacji. Obecnie często stosuje się sekwencjonowanie DNA.
Aby zbadać geny sprzężone, można również przeprowadzić eksperyment podobny do tego wykonanego przez Thomasa Morgana. Po skrzyżowaniu dwóch heterozygot możemy oznaczyć stosunek fenotypowy – jeśli będzie 3:1, to są to geny sprzężone. Jeśli 9:3:3:1, to są to geny niesprzężone.
Obecnie, aby badać geny sprzężone, stosuje się nowsze metody niż tworzenie prostych krzyżówek genetycznych. Należy pamiętać, że aby wyznaczyć stosunek fenotypowy potrzebujemy bardzo dużej liczby osobników potomnych, by wzmocnić wartość badania.