Główną przyczyną eutrofizacji jest zwiększenie zawartości związków chemicznych w wodzie, w szczególności związków azotu i fosforu. Związki te trafiają do zbiorników wodnych w wyniku ich wymywania z gleby w wyniku używania nawozów. Powoduje to gwałtowny rozwój glonów w zbiornikach wodnych, czego następstwem jest nadmierne zużywanie tlenu. Skutkuje to wymieraniem ryb. Ponadto zwiększenie ilości glonów i bakterii powoduje pojawianie się osadów dennych i zarastanie zbiornika.
Eutrofizacja to stopniowe zarastanie zbiorników wodnych na skutek ich zanieczyszczenia.