Średnie zasolenie w wodach przypowierzchniowych Morza Bałtyckiego wynosi 8 PSU. Największy poziom zasolenia Morze Bałtyckie osiąga w Cieśninach Duńskich – nawet do 17 PSU. Taki poziom zasolenia wynika z mieszania się wód Morza Bałtyckiego z wodami Morza Północnego. Zasolenie Morza Bałtyckiego maleje w kierunku wschodnim i północnym. Najniższy poziom zasolenia Morze Bałtyckiego osiąga w Zatoce Fińskiej – 2–3 PSU.
Na poziom zasolenia Morza Bałtyckiego wpływają następujące czynniki:
– położenie w strefie klimatów umiarkowanych, przez co parowanie jest mało intensywne
– zamknięty charakter zbiornika, co powoduje małą wymianę wód z oceanem
– duża ilość rzek wpływających do niego (ponad 200), która powoduje dużą dostawę słodkiej wody
