Jan Zamoyski działał u boku króla Zygmunta Augusta, Henryka III Walezego, Stefana Batorego oraz Zygmunta III Wazy.
Jan Zamoyski poparł kandydaturę Zygmunta III Wazy na króla Polski. Pomimo tego hetman nie zgadzał się z poglądami i działaniami nowego króla.