Suwerenność państw członkowskich a zasady funkcjonowania Unii Europejskiej mają złożony związek. Przystąpienie do UE wiąże się z pewnymi ograniczeniami suwerenności państw członkowskich, ale jednocześnie daje im możliwość wspólnego podejmowania decyzji w ważnych kwestiach. Zasady funkcjonowania Unii Europejskiej, takie jak zasada prymatu prawa unijnego, swobodny przepływ towarów, osób, usług i kapitału, oraz harmonizacja polityk w różnych obszarach, wpływają na suwerenność państw członkowskich w następujący sposób:
Transfer kompetencji: Państwa członkowskie muszą przekazać część swoich uprawnień i kompetencji na rzecz instytucji unijnych, takich jak Parlament Europejski i Komisja Europejska. Decyzje podejmowane na poziomie unijnym mają bezpośredni wpływ na polityki wewnętrzne państw członkowskich.Przestrzeganie prawa unijnego: Państwa członkowskie są zobowiązane do przestrzegania prawa unijnego i wdrażania jego przepisów w swoim porządku prawnym. Decyzje Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej są ostateczne i wiążące dla państw członkowskich, co może ograniczać ich swobodę działania.Wspólne podejmowanie decyzji: Państwa członkowskie mają możliwość wspólnego podejmowania decyzji w ramach instytucji unijnych, takich jak Rada Unii Europejskiej. Proces podejmowania decyzji wymaga kompromisów i uwzględnienia interesów wszystkich państw członkowskich, co może ograniczać pełną suwerenność poszczególnych państw.
Jednocześnie, państwa członkowskie zachowują pewne aspekty suwerenności, takie jak zarządzanie swoim systemem prawnym, polityką gospodarczą, systemem opodatkowania i bezpieczeństwem narodowym. Decyzje o fundamentalnych sprawach, takich jak zmiana konstytucji, polityka obronna czy przyjmowanie uchodźców, nadal należą do wyłącznej kompetencji państw członkowskich. Związek między zasadami funkcjonowania UE a suwerennością państw członkowskich jest więc równocześnie procesem przekazywania pewnych uprawnień na rzecz wspólnotowych instytucji, jak i utrzymaniem pewnego stopnia kontroli i autonomii przez państwa członkowskie w innych dziedzinach.
Członkostwo w Unii Europejskiej ogranicza suwerenność państw członkowskich, ponieważ muszą one przekazać część swoich uprawnień na rzecz instytucji unijnych i przestrzegać prawa unijnego. Decyzje podejmowane na poziomie unijnym mają bezpośredni wpływ na wewnętrzne polityki państw członkowskich. Jednocześnie, państwa członkowskie zachowują pewne dziedziny, w których mają autonomię, takie jak zarządzanie systemem prawnym czy polityką gospodarczą.