Gatunki wskaźnikowe to organizmy wykazujące wąski zakres tolerancji na dany czynnik środowiska. Obecność takiego gatunku w danym miejscu świadczy o tym, że dany czynnik występuje w środowisku. Na przykład do określenia stanu czystości wód bada się występowanie rozwielitek i chlorelli.
Tolerancja ekologiczna to zdolność organizmów do przystosowywania się do zmian czynników abiotycznych. Natomiast przedział wartości czynnika, w którego granicach dany organizm może przeżyć, nazywany jest zakresem tolerancji. Zakres ten w stosunku do danego czynnika określają dwie wartości: najniższa, czyli minimum i najwyższa, czyli maksimum. Wartości średnie są najkorzystniejsze dla funkcjonowania organizmów i nazywane są optimum. Przekroczenie wartości czynnika poza zakres tolerancji prowadzi do śmierci organizmu. Organizmy wykazujące szeroki zakres tolerancji dla danego czynnika nazywane są eurybiontami, natomiast organizmy wykazujące wąski zakres tolerancji względem danego czynnika nazywane są stenobiontami.
Gatunki wskaźnikowe nazywane również bioindykatorami to organizmy należące do stenobiontów, których obecność i stan ilościowy i jakościowy świadczy o występowaniu danego czynnika środowiska.