Znajomość sekwencji kwasów nukleinowych patogenu można wykorzystać między innymi w diagnostyce COVID-19. Przed badaniami pobiera się wymaz od pacjenta, który może zawierać materiał genetyczny wirusa i przeprowadza się proces PCR. Dzięki znajomości sekwencji nukleotydów wirusa można stworzyć specyficzne dla niego startery do reakcji PCR, dzięki czemu w reakcji powstaną produkty powielania genomu wirusa SARS-CoV2, a nie innych wirusów. Automatyczne aparaty analizują uzyskane podczas PCR produkty i umożliwiają detekcje określonych genów wirusa.
Techniki inżynierii genetycznej znajdują zastosowanie w wielu dziedzinach. Jedną z nich jest diagnostyka chorób zakaźnych, w której wykorzystuje się znajomość sekwencji określonych genów drobnoustrojów chorobotwórczych. Diagnostyka wielu z chorób zakaźnych polega na pobraniu materiału (np. wymazu z nosogardła czy z cewki moczowej), w którym podejrzewamy obecność materiału genetycznego patogenu. Następnie przeprowadzana jest reakcja PCR, a uzyskane produkty są automatycznie analizowane przez aparat pod kątem zgodności ze wzorcową sekwencją kwasów nukleinowych patogenu. Metody te są nie tylko wykorzystywane w diagnostyce COVID-19, ale też m.in. w diagnostyce rzeżączki czy zakażenia wirusem HIV.