Przykładem wykorzystania metod biotechnologii tradycyjnej w ochronie środowiska może być wykorzystanie naturalnych polimerów biodegradowalnych do produkcji różnego rodzaju opakowań do jednorazowego użytku, które mogą być rozłożone przez mikroorganizmy występujące naturalnie w przyrodzie. Innym przykładem mogą być wykorzystanie kompostu – naturalnego nawozu powstałego dzięki rozkładowi odpadów organicznych przez mikroorganizmy. Również tworzenie biogazowni i biologicznych oczyszczalni ścieków są przykładami wykorzystania biotechnologii tradycyjnej w ochronie środowiska.