Podstawowe trzy domeny: Archea, Bacteria i Eukarya wyróżniono na podstawie różnic na poziomie molekularnym. W obrębie poszczególnych domen wyróżnia się królestwa takie jak: Bakterie, Archeony, Protisty, Grzyby, Rośliny, Zwierzęta.
Mimo że podział ten jest obowiązujący, naukowcy często zwracają uwagę na jego niepoprawność. Dzieje się tak, ponieważ nie obrazuje on poprawnie filogenezy sklasyfikowanych w nim organizmów.