Do zakresu zadań podejmowanych przez systematykę molekularną należy:
· klasyfikacja organizmów przez przypisywanie im unikatowych fragmentów kwasów nukleinowych obecnych w ich kodzie genetycznych,
· poznawanie i porównywanie sekwencji kwasów nukleinowych, nukleotydów w obrębie rybosomalnego RNA oraz sekwencji aminokwasów w białkach,
· porównywanie struktur białek, cytochromów, fragmentów kwasów nukleinowych między organizmami.
