Amoniak nie jest transportowany do wątroby w stanie wolnym, ponieważ jony amonowe są toksyczne dla organizmu.
Jony amonowy włączane są do glutaminianu (w wyniku czego powstaje glutamina) oraz pirogronianu (w wyniku czego powstaje alanina). Powstałe aminokwasy transportowane są przez krew do wątroby, gdzie następnie zachodzi odłączenie jonów amonowych, ich transport do mitochondrium i włączenie do cyklu mocznikowego.