Bakterie oddychające beztlenowo przeprowadzają proces denitryfikacji- przekształcają azotany NO3- do azotu cząsteczkowego N2. Jest to zjawisko niekorzystne, ponieważ azotany są formą azotu, która w głównej mierze jest przyswajana przez rośliny, natomiast N2 jest dla roślin niedostępny.
Procesem w którym powstaje NO3-, łatwo przyswajany przez rośliny jest nitryfikacja, przeprowadzona przez bakterie chemosyntetyzujące.