W fotosyntezie oksygenicznej donorem elektronów jest woda, a w jej wyniku powstaje tlen. Natomiast w fotosyntezie anoksygenicznej donorem elektronów jest inny związek niż woda. W tym typie fotosyntezy nie powstaje tlen.
Fotosynteza anoksygeniczna zachodzi u organizmów żyjących w środowisku beztlenowym. Przeprowadzają ją purpurowe i zielone bakterie siarkowe. Jako donor elektronów często wykorzystują H2S.