W wyniku przemian katabolicznych aminokwasów i białek powstają ketokwasy, które mogą być przekształcone do związków pośrednich cyklu Krebsa.
W pierwszej kolejności białka muszą zostać rozłożone na aminokwasów w procesie hydrolizy, przeprowadzanym przez proteazy. Aminokwasy najpierw ulegają deaminacji, czyli usunięciu grupy aminowej (-NH2). Grupa aminowa zostaje przekształcona w amoniak (NH3), który jest toksyczny dla organizmu, dlatego jest przekształcany w mniej toksyczną mocznik, który jest wydalany przez nerki.
Po deaminacji aminokwasów pozostają ketokwasy, które mogą być przekształcone w różne metabolity w celu dalszego wykorzystania energetycznego lub syntezy innych związków. Wiele z tych metabolitów jest bezpośrednio zaangażowanych w cykl Krebsa. Do cyklu Krebsa wprowadzany jest np. alfa-ketoglutaran, który powstaje z degradacji wielu aminokwasów.