Podstawniki mogą nadawać aminokwasom charakter kwasowy lub zasadowy, mają też wpływ na polarność aminokwasów- nadając im charakter hydrofilowy lub hydrofobowy.
Podstawniki mogą zawierać dodatkową grupę karboksylową(-COOH)- nadającą charakter kwasowy lub aminową (-NH2)- nadającą charakter zasadowy.